Antártida
Al ingresar a esta sala, junto a una escena costera de una pareja de lobos marinos de dos pelos, se puede apreciar una rica diversidad de organismos.
Desde estrellas y erizos de mar, crustáceos y moluscos, hasta peces y aves propias de estos fríos ambientes. En un lateral domina el gigantesco cráneo de un cachalote.
Anfibios y reptiles
Ricas infografías, ejemplares conservados y calcos, permiten conocer la gran diversidad de sapos, ranas, tortugas, yacarés, lagartos y serpientes que habitan en nuestro país.
Entre los varios sectores que componen esta sala puede observarse una gran vitrina ambientada donde se muestran interesantes adaptaciones a diversos modos de vida.
Artrópodos
En esta sala se pueden conocer los distintos grupos de insectos, ciempiés, arañas y cangrejos, a través de infografías y ricas colecciones. Modelos a gran escala muestran el vuelo, las adaptaciones del aparato bucal y las patas de estas especies. Importantes infografías muestran interesantes características sobre distintos aspectos de su biología.
Aves
Un innovador recorrido, visual y acústico, de las diversas aves que habitan los distintos ambientes de la Argentina. En otros puede observarse una gran vitrina dedicada a la sistemática de las aves argentinas.
Allí se presentan, ordenadas de manera taxonómica, un total de 230 especies y se ofrece información de cada una de las familias presentes en nuestro país.
Geología
En esta gran sala pueden apreciarse diversos bloques temáticos: el módulo Atlas Ambiental, diferentes tipos de minerales y rocas, infografías con temas como la estructura interna de la Tierra, tectónica de placas, deriva continental y otros. El Planetario ofrece la posibilidad de conocer nuestro cielo y las constelaciones.
200 años de Historia
A lo largo de su larga vida, el Museo se alojó sucesivamente en las celdas altas del Convento de Santo Domingo, en la manzana de las Luces y en algunos edificios de la plazoleta de Monserrat, hasta instalarse definitivamente en 1937, en este edificio construido especialmente para él. En esta sala se pueden descubrir algunos de los aspectos más interesantes de su historia.
Mamíferos actuales
Una serie de interesantes piezas de grandes mamíferos y un grupo de monos taxidermizados, hacen de presentación para esta sala. Están representados aquí los principales grupos de mamíferos, la mayoría autóctonos (salvo de grupos no presentes), a través de ambientaciones o dioramas, que permiten observar adaptaciones a los diversos modos de vida.
Buenos Aires, un millón de años atrás
Esta sala expone a los mamíferos que habitaron la región pampeana en los últimos dos millones de años.
Se muestra entre otros cómo es la estructura del subsuelo porteño y cuáles son algunas de las curiosidades de los hallazgos realizados en la ciudad de Buenos Aires.
Paleontología
Una de las salas más importantes de América Latina, en cuanto a cantidad y calidad de material original exhibido. Impactan los calcos de dinosaurios descubiertos en territorio patagónico, por investigadores del Museo. Las vitrinas laterales e infografías permiten apreciar la evolución de la vida en la tierra de diversos grupos de animales y plantas, como el proceso de fosilización de estas últimas.